MOPGA : Entretien avec Sara SHAKIR, chercheuse en biotechnologie

Pouvez-vous nous parler un peu de votre parcours et de ce qui vous a amenée à faire de la recherche en biotechnologie ?

J’ai toujours été fascinée par la nature depuis mon plus jeune âge. Ayant grandi dans une communauté agricole, j’ai pu observer de près l’impact des maladies des plantes sur les moyens de subsistance, ce qui a suscité mon intérêt pour la santé des végétaux. J’ai été particulièrement intriguée par le fait que les virus, bien que dotés de génomes minuscules, puissent provoquer la destruction complète d’une plante. Comment une entité aussi petite peut-elle perturber un organisme aussi complexe ? Cette question m’a profondément marquée et m’a conduite à entreprendre un doctorat en biotechnologie, avec une spécialisation en virologie végétale. Les virus sont de véritables maîtres manipulateurs : comprendre leur fonctionnement, et notamment la façon dont ils détournent la machinerie cellulaire des plantes, ne permet pas seulement de développer des applications pratiques en agriculture, mais aussi de révéler des mécanismes biologiques fondamentaux. C’est un domaine riche en questions ouvertes, ce qui rend la recherche à la fois passionnante et stimulante.

En quoi votre projet s’aligne-t-il avec les thèmes de recherche du programme MOPGA sur le changement climatique et le développement durable ?

Mes recherches portent directement sur la sécurité alimentaire à l’échelle mondiale, un enjeu majeur du développement durable. Le changement climatique modifie les écosystèmes en perturbant la dynamique des insectes vecteurs qui transmettent les virus végétaux, ce qui accentue la fréquence et la gravité des épidémies. En étudiant les mécanismes moléculaires des interactions entre les plantes et les virus, mon objectif est de développer des cultures plus résistantes aux infections virales. Cela s’intègre parfaitement dans le cadre du programme MOPGA, qui met l’accent sur l’agriculture durable et la sécurité alimentaire face aux changements climatiques.

L’INRAE, où je mène mes recherches, est l’un des leaders mondiaux en matière de santé des plantes. Avoir l’opportunité de collaborer avec des experts en virologie végétale et d’accéder à des infrastructures de pointe a fait de la France un choix idéal.

 

Qu’est-ce qui vous a poussée à postuler pour une bourse dans un laboratoire en France ?

La France possède une longue tradition d’excellence dans les sciences du végétal et la biotechnologie. L’INRAE, où je mène mes recherches, est l’un des leaders mondiaux en matière de santé des plantes. Avoir l’opportunité de collaborer avec des experts en virologie végétale et d’accéder à des infrastructures de pointe a fait de la France un choix idéal. De plus, le programme MOPGA met l’accent sur la coopération internationale et la durabilité, ce qui correspond parfaitement à ma vision scientifique.

Quelles sont les avancées récentes de vos recherches ?

L’une des découvertes les plus passionnantes concerne la manière dont les virus des céréales, comme le virus de la jaunisse nanisante de l’orge (BYDV), prennent le contrôle de la machinerie cellulaire des plantes et modifient leur biologie. Pendant ma bourse MOPGA, j’ai utilisé des technologies de pointe en protéomique à haut débit et en imagerie avancée pour cartographier les interactions protéine-protéine à grande échelle entre le BYDV et les plantes (Nicotiana benthamiana, une plante modèle pour la recherche sur le blé). En utilisant des outils d’intelligence artificielle comme AlphaFold, nous modélisons ces interactions en 3D, ouvrant ainsi la voie à des stratégies de résistance ciblées pour les cultures.

Résoudre les défis agricoles mondiaux, comme les épidémies virales, nécessite une approche intégrée qui combine expertise interdisciplinaire et coopération internationale.

 

En quoi la bourse MOPGA a-t-elle contribué à votre développement professionnel et personnel ?

Sur le plan professionnel, la bourse m’a donné accès à des infrastructures de recherche de pointe et m’a permis de collaborer avec certains des plus grands experts en virologie végétale. Elle m’a également aidée à perfectionner mes compétences en imagerie haute résolution et en biologie structurale, des domaines essentiels pour l’avancement de mes recherches. Sur le plan personnel, cette expérience en France m’a permis d’élargir ma perspective culturelle et de renforcer ma capacité à évoluer et à contribuer à des environnements de recherche internationaux.

Quels sont vos prochains projets ou futures orientations de recherche ?

À présent, mes travaux se concentrent sur le rapprochement entre la biologie moléculaire sur cellule unique et les réponses des plantes aux infections virales au niveau de la population. Les virus sont des entités dynamiques, mais nous savons encore peu de choses sur la manière dont leurs activités sont coordonnées à l’échelle des cellules, des tissus et de la plante entière. Mon objectif est d’intégrer des outils avancés d’imagerie, de biologie moléculaire et d’édition du génome pour établir une cartographie spatio-temporelle des processus moléculaires impliqués dans l’infection virale chez les plantes. Par ailleurs, je suis très enthousiaste à l’idée de lancer un projet en collaboration avec des chercheurs sud-africains pour étudier les virus des céréales en Afrique. Ce projet, financé par le PHC PROTEA géré par Campus France pour les ministères de l’Europe et des Affaires étrangères et de l’Enseignement supérieur et de la recherche, met en lumière l’importance des collaborations scientifiques transfrontalières. En effet, résoudre les défis agricoles mondiaux, comme les épidémies virales, nécessite une approche intégrée qui combine expertise interdisciplinaire et coopération internationale.